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二、審計評價意見
審計結果表明，三峽總公司和各主要參建單位認真貫徹落實黨中央、國務院的決策和部署，克服工程建設週期長、任務重、技術複雜等帶來的各種困難，逐步建立健全各項內控制度，加強工程建設管理，不斷探索創新，保證了工程建設的順利進行。工程質量總體優良，工程建設總體進度有所提前，投資控制和建設資金管理使用情況較好，施工區環境保護措施基本落實，初步發揮的防洪、發電、航運等綜合效益好於預期，初步設計報告確定的2009年工程基本完工和全面運營的目標能夠實現。
(一)投資控制比較有效。
經測算，至2009年三峽工程基本竣工(除右岸地下電站和垂直升船機外)，尚需投資約140億元，靜態總投資可控制在概算確定的500.9億元內，預計動態總投資爲780多億元，比1994年預測總投資減少350多億元。主要原因：一是建設期間國內宏觀經濟環境較好，價差和利息支出比預期要減少300多億元；二是國務院三峽建委和三峽總公司兩個層次的投資控制機制比較有效，“靜態控制、動態管理”的模式比較成功，對因物價、匯率變動而引起的投資增加實行逐年覈定，累計實現投資結餘14.2億元。
(二)建設資金管理使用情況總體較好。
建設資金管理內控制度比較健全，會計覈算和財務管理比較規範，未發現挪用和嚴重侵佔建設資金的問題，三峽工程建設基金做到了專款專用。三峽工程與金沙江下游開發項目實行獨立覈算，避免了相互擠佔。
(三)工程建設管理不斷加強並逐步規範。
一是二、三期工程較好地執行了招投標制度，機電設備招標工作取得顯著的經濟效益和社會效益。抽查516個建築安裝合同，金額344.97億元，招標合同(含公開招標和符合規定的邀請招標)佔應招標合同的65%，金額佔92.3%。在一、二、三期工程中，招標金額比率分別爲71%、95.5%和88.2%。在左岸電站機組國際招標中，三峽總公司採取根據技術轉讓情況支付轉讓費等方式，使哈爾濱電機廠和東方電機廠在較短時間內掌握了大型水電機組設計與製造的核心技術和關鍵工藝，提升了我國水電行業整體技術水平和國際競爭力。在右岸電站12臺機組招標中，這兩家企業憑藉自主創新形成的競爭能力，各承擔了4臺(套)水輪發電機組的設計製造任務。與進口機組相比(不含技術轉讓費、進口關稅和增值稅)，8臺國產機組共節省投資3.56億元。
二是對主要物資材料採購和質量管理比較嚴格。抽查40%的鋼材、水泥等6種主要物資材料結果表明，三峽總公司通過採取業主供應制和較完整的質量檢測制度，保證了物資材料供應的進度和質量，降低了採購成本，購進的物資材料質量總體較好。
(四)工程建設總體進度有所提前。
與初步設計報告規定的工期比較，2005年，左岸電站14臺機組提前一年投入運營；2006年5月，右岸大壩提前半年澆築到185米設計高程，大壩全線貫通；同年10月，提前一年蓄水至156米水位目標。除垂直升船機(因主體設計方案改變，推遲建成)和右岸地下電站(新增項目)外，右岸電站、電源電站、永久船閘完建和泄洪壩段導流底孔封堵等在建工程，都將在2009年前按期或提前建成運營。
(五)工程質量總體優良。
在滿足國家標準和行業標準要求基礎上，三峽總公司制定了110多個質量標準和關鍵部位、關鍵工序的施工技術標準，部分標準達到或超過了國際水平，有14項技術獲國家科技進步一、二等獎。經國務院質量檢查專家組評定，審計的11個主要單項工程質量全部合格，平均優良率達到87%。其中，一、二、三期單元工程優良率分別爲79.2%、80.7%和92.3%。
(六)施工區環境保護措施基本落實。
施工區環境質量得到較好控制，目前施工區段的長江干流水質保持在Ⅱ-Ⅲ類標準，生活水廠的水源水質符合飲用水衛生標準；大氣環境質量較好；治理水土流失取得一定成效，已投入5.6億元，完成和正在實施的綠化面積約140萬平方米，綠化道路34.7公里。
(七)初步發揮的綜合效益達到或超過預期目標。
一是防洪效益初步顯現。2003至2005年圍堰發電期間，出現過一次流量大於每秒5萬立方米的洪水。在該次洪水調度中，經國家防汛總指揮部批准，三峽水庫水位上升至136.43米，蓄洪量爲5億立方米，確保了機組安全發電，也減輕了下游的防洪壓力。2006年6月大壩全線擋水後，三峽工程提前兩年發揮部分防洪效益。工程竣工後，三峽水庫可爲長江中下游提供221.5億立方米的防洪庫容，可將荊江河段的防洪標準由原來約十年一遇提高到百年一遇。遇到特大洪水時，配合運用荊江地區的蓄滯洪區分洪，可有效防止荊州河段發生幹堤潰決的毀滅性災害，爲武漢等沿江重要城市的防洪保安提供保障。
二是提前一年發電，取得了良好的經濟效益，對緩解華東、華中地區用電緊張狀況發揮了重要作用。左岸電站14臺機組提前一年投產發電，至2006年6月底，已累計發電1181.62億度，實現收入297.53億元，比初步設計方案分別增加379億度和79.47億元。大部分發電收入用於了三峽工程建設。
三是航運效益好於預期。2003年6月蓄水通航後，長江上游實現了萬噸級船隊通航，促進了運量的大幅度增長，降低了水運成本。2004年、2005年通過船閘的貨物運量分別爲4308萬噸和4394萬噸，比蓄水前增長了4倍多，接近初步設計報告預測的2030年5000萬噸的水平。工程運行3年來，通過在枯水季節調節水庫下泄流量，較好地解決了長江中游局部河段通航水深不足的問題。
此次審計也發現，一些中小合同項目沒有嚴格執行招投標制度，部分單項工程監理工作比較薄弱，主要設備材料採購內控制度存在薄弱環節，質量事故責任追究制度未完全落實等。
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