綜合香港媒體報道，香港警方派往馬尼拉的9名警員前往扣押旅游巴的汽車中心進行調查，當中4名鑒證科及法證科人員下午3時開始登上旅游巴搜證，他們均穿上保護衣物。

　　有組織罪案及三合會調查科警司文達成表示，他們會進行多項分析，包括血濺形態分析、玻璃碎裂狀況、座位的纖維和彈孔的位置等。他說，香港人員全日會不間斷進行搜證，預計至凌晨時分纔會完成，下一步工作則會分析槍手事發時手持的M16步槍及手槍。

　　香港警務處助理處長吳家聲之前表示，案件已由菲律賓司法部接手，他會盡最大努力找出真相。此前，吳家聲與菲律賓司法部、國家調查局及警方等部門開會後表示，菲律賓當局已批准香港警方稍後登上旅游巴搜證，包括檢查子彈彈殼，及子彈彈道等，會進行槍械鑒定，預料調查需時最少一日。

　　菲律賓司法部部長德利馬表示，由司法部掌管的調查已開始，會全面及公開，強調有關調查會遵守當地及國際法例。

　　而菲律賓警察總局一名高級警官指，他們的搜證工作已完成七成半，包括比對彈道和彈殼，餘下的兩成半工作最困難，這包括確定當時死傷者乘坐的位置、彈殼位置及彈道方向等，預料最快明日完成搜證工作。

　　發言人也澄清拒絕香港警方登車調查，是因無預計香港警方及法證人員會親到當地，加上國家調查局正調查案件，不能同時安排兩組調查人員同場，所以纔禁止。