據臺灣《中國時報》報道，經過近四小時手術，連勝文27日凌晨轉入加護病房，麻醉退後，連勝文各項生命征象穩定，且可正常言語，視力也沒受到影響。臺北臺大醫院醫師表示，由於連的傷口還腫脹得很厲害，至少一周後纔能進一步評估需不需要整形，以及顏面神經是否受損。

　　由於子彈從左臉顴骨下方接近鼻側處進入，貫穿鼻中膈，自右顴骨後方接近太陽穴處穿出，傷勢路徑總長約十五到二十厘米，且造成右顴骨骨折，連勝文26日晚21時53分進入開刀房，直到27日凌晨1時30分纔完成手術。

　　雖然連勝文的傷勢並無致命危險，但因他的身份及受傷原因特殊，臺大派出包括整形外科、血管外科、重癥加護及耳鼻喉科等，至少八名主治醫師參與手術，陣仗頗大。

　　一名參與手術的臺大醫療團隊成員透露，連勝文手術主要是以微創的內視鏡，清創傷口表面上百片火藥碎屑，再將碎骨歸位，並於兩頰顴骨下方各置一個鴿蛋大小的水球負責固定，同時以引流管引出多餘血水，過程復雜，所以手術時間纔會耗時近四小時。因子彈穿過連勝文的鼻中膈後方，導致深處軟組織被破壞，所以醫療團隊也置入支架，橕起連的鼻骨，以免影響呼吸。

　　外傳連勝文口腔咬合、顏面神經甚至嗅覺，都可能因此次槍傷受到影響，一名不願具名的臺大醫療團隊人員說，連勝文受傷部位距離口腔、嗅神經有段距離，應不至於留下後遺癥。

　　會留下難看疤痕嗎？臺大醫師說，手術時采取與眼周紋路一致的方向縫合，再配合除疤藥物，應不致太明顯。