2000年，美籍華人科學家陳曉寧攜帶科研成果-三個基因庫回到北京，據其介紹，這三大基因庫目前在世界上獨一無二，價值無法估量。9月，方舟子發表公開信，稱同等產品在美國用3000到4000美元就可以買到。最終，陳曉寧離開中國。

　　2003年1月，在新語絲網站貼出帖子，指責該校博士生李仕鋒、校長顧冠群發表於《現代有線傳輸》2002年6月第2期的文章《IP over WDM網絡集成動態路由算法研究》系剽竊。

　　2003年2月，揭露陳進教授發明的『漢芯一號』造假，陳進借助『漢芯一號』申請了數十個科研項目，騙取了高達上億元的科研基金。

　　2005年9月，指出華中科技大學同濟醫學院教授肖傳國提出的『肖氏反射弧』並沒有得到國際公認，是自吹自擂，並在醫學上存在危險。結果肖落選中科院院士，方舟子遇襲，肖入獄。

　　2010年1月，在微博上揭露『神仙』李一表演的『神通』有假，其養生班有騙財騙色的嫌疑，並涉及到一大批被認為是李一弟子的名人。李一原形敗露，至今蹤影全無。

　　2010年7月，在微博上稱『打工皇帝』、新華都集團總裁兼CEO唐駿『學歷造假』。

　　2011年1月，方舟子舉報朱學勤《道德理想國的覆滅》一書抄襲。復旦大學公布調查結果，稱剽竊不成立。

　　2011年7月，揭露著名主持人樂嘉的『性格色彩學』剽竊美國人泰勒·哈特曼(Taylor Hartman)的《色彩密碼》(The Color Code)一書。

　　2011年11月，對創新工場CEO李開復在卡內基梅隆大學擔任副教授的經歷提出質疑。

　　2012年春節期間，質疑韓寒之父代筆為子寫作，與韓寒展開隔空『罵戰』。而後，韓寒委托律師起訴方舟子。後韓寒宣布退出罵戰，並且撤訴。

　　·黃飛·

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