據臺灣《中國時報》報道，外傳陳水扁辦公室大量復制機密文件要帶離。據悉，馬英九5月初就接獲相關情資，由於事情重大，馬英九即指示幕僚告知臺當局『總統府』，提醒相關官員勿違反機密保護的法規，否則將依法究責。

　　知情人士透露，馬英九14日還特別指示『政權』交接小組成員賴素如，兩次致電當局『總統府政風處長』謝建財，重申保護機密的立場，希望『總統府』官員依法行政，勿以身觸法。

　　知情人士表示，謝建財也向馬英九證實，當局『總統府一局』確實有調機密文件的情形出現。