13日，著名科普作家、網絡名人方舟子發布微博稱，已向北京市海淀區人民法院提起民事訴訟，狀告前央視主持人崔永元利用微博發表侮辱、誹謗他的言論，侵害了他的名譽權，要求崔永元賠償其精神損害撫慰金、律師代理費、公證費等共計32.1萬元，並在媒體刊登道歉信。對此，崔永元也通過微博回應：“我認為你勝訴的幾率等於零，還是要鼓勵你走正路不走邪路。”

　　房子受質疑成導火索

　　方舟子起訴崔永元一事在8日便已有端倪。當天深夜近3時，崔永元轉發一條題為“方舟子在美國究竟擁有幾處房產？”的微博，這條微博指出2013年10月30日，一位疑似方舟子妻、新華社記者名為劉菊花的人，以67萬美元的價格在美國加州聖馬科斯市購入豪宅一棟，同日，方舟子將名下的一套房產也轉讓給這位劉菊花。崔永元評論：“我不認為這些錢都是肘子(方舟子)嗑普(科普)騙來的，肯定還有其他的騙法。”

　　方舟子在8日下午即在微博發布聲明，認為崔永元此舉是對他的誹謗，他會連同之前崔永元對他的評價“網絡流氓暴力集團頭目”、“邪教教主”、“無賴”、“純騙子”等，一並起訴。方舟子的聲明中也辯稱，北京普通家庭都買得起300多萬人民幣的房子，“崔永元認為我的家庭收入連北京普通家庭都不如？”並回擊崔永元“300多萬元人民幣，也就夠崔永元去美國7次的費用。”

　　10日，方舟子接受了某網站專訪，稱他最終下決心起訴崔永元，是因為“這回他說得很具體，說我騙錢在美國買房，如果不追究他的法律責任，實在是過不去。”同時他也表示，與崔永元爭論轉基因科普知識本來是一件好事，他不想過早結束這場爭論，想讓更多人認識到轉基因的科學問題。而崔永元“造了我很多謠言，不停地在說我坑蒙拐騙、邪教教主、希特勒等，都涉及了人格侮辱”，而這些還沒有那麼具體，“這回說得具體了，我覺得有必要追究一下。”

　　直至13日，方舟子正式公布了他的起訴書，狀告崔永元侵害其名譽權，要求崔永元刪除他認為對自身造成侮辱、詆毀的微博，並在部分媒體、網站上刊登道歉信，此外還提出賠償精神損害撫慰金、律師代理費、公證費共計32萬1千元。

　　崔永元自信“應戰”

　　面對方舟子的8日的起訴聲明，崔永元反應迅速，20分鍾後便發微博稱：“肘子終於決定告上法院了，太好了！就等這一天呢!咱們法院見！”崔永元顯得信心十足，此後兩天，他連續發微博質疑方舟子靠“斂黑基金”騙錢，並質疑他“以‘打假斗士’的虛名混吃混喝”。在此期間方舟子與崔永元也沒有停止過論戰，方舟子指責“崔永元公益基金”是在“貪污、洗錢”，而崔永元則要求方舟子陪他“曬賬”，並在網上轉發了“崔永元公益基金”官方賬號的關於財務報告的微博。

　　面對方舟子的訴訟，13日崔永元在微博上反擊，“肘子訴狀寫完了，現在可以有時間整理一下自己造過多少謠、侮辱過多少人、犯過多少次法了。……你終於選擇了一次正確地解決問題的方法，早知如此，何必當初。當然我認為你勝訴的幾率等於零，還是要鼓勵你走正路不走邪路。”